Ducky e Palmer sono chiamati a investigare su un misterioso suicidio di un tenente della Marina, ma vengono rapiti mentre portano il cadavere al quartier generale dell'NCIS. Nel frattempo, il resto della squadra scopre che il tenente morto era in realtà una spia cubana che stava rubando file classificati, e le persone che hanno rapito Ducky e Palmer sono i suoi contatti. Sia Ducky che Palmer riescono a sfuggire ai loro rapitori e vengono tratti in salvo dal resto della squadra, che è riuscita a rintracciarli, ma una delle spie riesce fuggire. Grazie ad uno stratagemma di Ducky, il team è in grado di arrestarla e recuperare i file rubati.