Kougami leidt een expeditie in Duitsland en ontsluit de rustplaats van een van de alchemisten die de Kernmedailles heeft gemaakt in een poging een reeks verloren medailles terug te halen. Wanneer het zegel echter wordt ongedaan gemaakt, barsten miljoenen cel medailles uit in een toren, terwijl ze een magische barrière creëren die ervoor zorgt dat delen van Japan omvallen. Terwijl de alchemist haar plannen onthult om een nieuwe OOO te worden, worden Eiji en zijn vrienden in het verleden geworpen en moeten ze de weg terug naar huis vinden en de alchemist tegenhouden voordat ze de wereld vernietigt!