La terza parte è incentrata sulla bellicosa riconquista di Dune-Arrakis attraverso il jihād comandata da Paul Muad'dib, il quale, grazie alla pericolosa Spezia, ha nel frattempo sviluppato i suoi poteri latenti, diventando il Kwisatz Haderach, l'essere supremo, vertice di un programma genetico segreto della Sorellanza delle Bene Gesserit.